La autonomía universitaria ha sufrido una reconceptualización en su sentido como en su alcance, pues mediante la expedición de la Ley 1740 del 2014 la cual regula la inspección y vigilancia dentro las IES, el Ministerio de Educación Nacional -MEN-pretende controlar e incidir en la toma de decisiones dentro de ellas. Esto no solo ha violado el principio de autodeterminación de las universidades que se supone caracteriza a estas instituciones sino que ha eliminado la concepción de autonomía y democracia que se había construido, pues ahora son vistas como mecanismos para imponer intereses del ministerio y de autoridades de instituciones de educación superior ajenas a la mayoría de los miembros de las universidades.

Esta ley concede al MEN una serie de facultades excesivas que permite la abierta intervención a las Instituciones, en la medida en que permite que el Ministerio solicite información sobre situaciones jurídicas, administrativas, económicas o situaciones específicas que ordene, a la vez que hace seguimiento a las actividades que desarrollan mediante la práctica de visitas constantes a las universidades, así como también cuenta con la potestad de enviar delegados a los órganos de dirección de las universidades cuando lo considere necesario, teniendo a la vez los intervinientes la posibilidad para que cuando lo estimen puedan nombrar rectores y directivos, intervenir cuentas y adoptar otras medidas, lo que vulnera la autonomía académica, administrativa, financiera y patrimonial de los entes universitarios y una clara perdida de la democracia al no permitir darse un gobierno propio.

La autonomía es un principio determinante para las IES pues es a partir de ella que se define su sentido y dirección, para lo que es necesario la independencia de las comunidades educativas para la construcción y reproducción del conocimiento.

La autonomía tal y como fue manifestada por la Mesa Amplia Nacional Estudiantil, MANE, se expresa tanto en la libertad de los sujetos como en la comunidad educativa, lográndose materializar a través de la libertad de pensamiento, de enseñanza, de investigación, en el respeto por la libre asociación, organización y movilización y en la participación activa en la toma de decisiones garantizando la democracia y el cogobierno. Sin embargo para lograr una autonomía real es necesario contar con una total financiación estatal, dejando que las instituciones determinen su gasto y evitando la asignación de recursos condicionados y reverentes a intereses económicos ajenos.